Я не могу выбрать несколько файлов и папок одновременно с помощью утилиты wwwbackup. Что я делаю не так, или это из-за того, что у меня бесплатный аккаунт?

WWWBackup разработан именно для такой работы. Все исходные файлы и папки должны находиться в одной родительской папке. Это стандартный способ множественного выбора в Windows (например, в проводнике Windows выберите несколько файлов и вырежьте и вставьте).

Создать несколько задач резервного копирования несложно. Если вам нужно создать много похожих задач на разных компьютерах, WWWBackup также имеет интерфейс командной строки, позволяющий запускать его из пакетного файла.