Re: Suporte para MDTM? - Sim, é suportadoBem, nós testamos com o FileZilla e o SmartFTP, etc., e parece funcionar bem. Qual cliente FTP você usa?
Você também pode considerar usar o DriveHQ FileManager, que possui muito mais recursos e de melhor qualidade do que o FTP comum, como compartilhamento em grupo e sincronização de pastas, etc.