Ao selecionar uma pasta para backup, apenas as subpastas são copiadas, e não os arquivos dentro da pasta selecionada. Estou fazendo algo errado?

Não. Quando você faz backup de uma pasta, ela deve fazer backup dos subarquivos dentro dela. Não conseguimos reproduzir o problema. Você poderia fornecer informações mais detalhadas? Uma captura de tela mostrando como você seleciona a pasta (e qual pasta) seria ótima. Você pode enviar por e-mail para support@drivehq.com