バッチファイルを使用してファイルを再アップロードする問題の詳細を教えてください。エラーメッセージは表示されますか?
そうでない場合は、おそらく有名なFTPの問題でしょう。アクティブFTPではなくパッシブFTPを使用する必要があります。ほとんどのルーターはアクティブFTPをブロックしますが、パッシブFTPはめったにブロックされません。
アクティブFTPをサポートするルーターを使用するか、別のFTPクライアントを使用する必要があります。残念ながら、MicrosoftのコマンドラインFTPクライアントはパッシブFTPをサポートしていません。GNU版FTPクライアント、またはFileZillaなどのGUIベースのFTPクライアントを使用する必要があります。
あるいは、DriveHQ FileManagerを使用してフォルダを自動的に同期するか、WebDAVドライブマッピングサービスを使用してから、DOSコマンドを使用してファイルを直接コピーすることもできます。