Re: FTPにアップロードした後、ファイルが削除されるファイルがシステムによって削除されたわけではないことは間違いありません。したがって、DriveHQ側の問題ではありません。FileZillaなどの一般的なFTPクライアントプログラムを使ってファイルをアップロードすることで確認できます。FileZillaでファイルをアップロードした場合、ファイルは自動的に削除されないため、FTPサーバーがファイルを削除していないことが証明されます。
そのため、プログラムが自動的に削除したかどうかを確認する必要があります。何度か試してみて、問題が再現するかどうか確認してください。
FTP/SFTP機能はビジネス向け機能であり、ビジネスプランへの加入が必要です。無料プランまたは個人向けプランでもお試しいただけますが、一定期間後にはご利用いただけなくなります。(ファイルの削除とは関係ありません。一定期間後にFTP/SFTP接続がブロックされるだけです。)無料のビジネス向けトライアルにご登録いただくことも可能です。