Pour une meilleure protection, DriveHQ Online Backup ne supprime pas automatiquement les fichiers déjà sauvegardés sur le serveur. Vous pouvez les supprimer manuellement en vous connectant au logiciel client de sauvegarde, en cliquant sur « Gérer les tâches », en sélectionnant la tâche et en la modifiant, puis en cliquant sur le bouton « Supprimer les fichiers inutilisés sur le serveur ». DriveHQ Online Backup peut également conserver plusieurs versions de vos fichiers. Ainsi, en cas d'écrasement accidentel, vous pourrez peut-être restaurer une version antérieure si celle-ci a été sauvegardée.

Certains utilisateurs se servent de DriveHQ FileManager comme outil de sauvegarde. C'est acceptable, mais il faut glisser-déposer les fichiers manuellement. FileManager est davantage conçu pour le partage et la collaboration au sein d'un groupe. La fonction de synchronisation des dossiers est moins sûre que la sauvegarde en ligne : avec la synchronisation, si vous supprimez des fichiers localement, ils seront également supprimés sur le serveur. Vous risquez donc de perdre les deux.